Historie klubu se datuje od roku 1927, ale konkrétnější údaje jsou zaznamenány až po ukončení II. světové války. V roce 1945 jako SK Ústí nad Labem působil klub v I. B třídě. Přes I. A třídu a divizi se klub dostal v roce 1951 do zemské ligy (druhá nejvyšší soutěž) a jako finalista Československého poháru se dostal v r. 1952 až do 1. ligy, avšak pouze na jeden rok. V roce 1958 se hrála v Ústí nad Labem opět nejvyšší soutěž, ale opět jen jednu sezónu. Klub tehdy působil pod názvem Spartak Ústí nad Labem a v následujících desetiletích působil střídavě ve druhé a třetí soutěži v republice.

 

V sezóně 1989-1990 družstvo sestupuje až do oblastního přeboru, ale během čtyř let třikrát postupuje a tehdejší FK GGS Anna hraje v letech 1994-1996 druhou ligu. Z finančních důvodů družstvo poslední rok ve druhé lize nedohrává a prakticky zaniká. Následující dva roky hrají soutěže pouze mládežnická družstva. Po spojení s předměstským FK NRC Všebořice, který hrál I. A třídu, vzniká v roce 1998 MFK (Městský fotbalový klub) Ústí nad Labem. Nově založený klub dvakrát za sebou postupoval a po dvou letech vybojoval postup do ČFL.

 

Od sezóny 2001-2002 klub nastupuje s novým názvem MFK Ústí nad Labem. V sezoně 2004-2005 se klub stává trvalým účastníkem 2. ligy. V sezoně 2005/2006 dosáhl klub skvělého 3. místa ve druhé lize, pod vedením trenéra Jiřího Plíška, v našem dresu hrál například také Edin Džeko.

Otěží se pak ujal trenér Svatopluk Habanec, který nejprve družstvo ve druhé lize zachránil, a poté sestavil tým, který hrál o přední pozice ve druhé lize. V sezoně 2009/2010 náš tým po 52 letech postoupil do nejvyšší soutěže, zejména díky skvělému podzimu a 11ti brankám Richarda Veverky. Jistotu postupu si náš tým vybojoval 29.5.2010 v Sokolově, kde vyhrál 3:1. V ročníku 2010/2011 však Ústí nad Labem muselo kvůli nevyhovujícímu stadionu hrát celou sezonu v Teplicích a nestačilo v prvoligové konkurenci, i přes několik vydařených zápasů. V následující sezoně však Ústí opět ovládlo druhou ligu a postoupilo do soutěže nejvyšší. Do té však nebylo Fotbalovou asociací ČR vpuštěno, opět kvůli nevyhovujícímu stadionu. Za tyto úspěchy vděčíme trenéru Svatopluku Habancovi, který s asistentem Petrem Fouskem a celým realizačním týmem odvedl skvělou práci.

 

Od sezóny 2006-2007 nastupuje klub již se současným názvem Fotbalový klub Ústí nad Labem, a.s. Kromě družstva dospělých má klub tři dorostenecká a čtyři žákovská družstva. Co se týče přípravek, klub v minulosti  intenzivně spolupracoval v mládežnických kategoriích s FK Ravel junior Ústí nad Labem (klub zaměřený na přípravky), poté se v roce 2010 kluby spojily pod FK Ústí nad Labem.

 

Domácí utkání klub hraje na Městském stadionu v Ústí nad Labem, který má kapacitu v současné době 3 500 diváků. V roce 2002 bylo vybudováno hřiště s umělým povrchem 3. generace, které nahradilo škvárové hřiště. 

Klubové barvy jsou bílá a modrá.